Dentro de los factores etiológicos de esta maloclusión, primeramente el componente genético ha demostrado ser la causa primaria de este tipo de patología. Autores como Proffit, campos y Sarver mencionan que se estima que dos tercios de los 25.000 genes humanos contribuyen al desarrollo craneofacial mediante complejos procesos como interacciones de tejidos, migraciones celulares y el crecimiento coordinado de cada una de estos. Estas condiciones genéticas son heredables e implican genes que proporcionan predisposición a la expresión fenotípica como la observada en la maloclusión clase II división2.
Los pacientes Clase II división 2, tienen características más definibles que los de un Clase II división1. Factores como la altura labial inferior, hiperactividad labial y fuerzas masticatorias aumentadas, la presión en reposo del labio inferior se asocia con la retroinclinación de los incisivos superiores y la recidiva después del tratamiento de ortodoncia, por tanto la presión del labio inferior puede ser crucial para la estabilidad a largo plazo de un tratamiento de ortodoncia en pacientes clase II división 2